تتميز بيوت العبادة في الإسلام بكونها دور عبادة وعلم في آنٍ، حيث جمعت كثير من المساجد بين كونها جامعا وجامعة. ولذا، حرص المسلمون منذ العصور الإسلامية المبكرة على إقامة المدارس في المسجد الأقصى المبارك ووقفها على الشيوخ والطلاب الذين يرابطون في هذا الموضع الشريف طلبا للعلم والثواب. وتنتشر مدارس المسجد الأقصى المبارك في الرواقين الشمالي والغربي للمسجد، وبعضها يمتد خارج سور المسجد المبارك ملاصقا له، وكلها تعتبر جزءا لا يتجزأ من الأقصى.

منذ الاحتلال الصهيوني للمسجد الأقصى المبارك، تتعرض كثير من هذه المدارس تارة إلى الإهمال ومنع الترميم مما يؤدي إلى إغلاقها، تمهيدا للاستيلاء عليها، وتارة إلى المصادرة، ومن ثم تحويلها إلى ثكنات عسكرية وكنس لليهود، كما تتواصل محاولات صهيونية محمومة لشراء ما لا يزال منها تحت إدارة الأوقاف الإسلامية بالقدس، التابعة لوزارة الأوقاف الأردنية (المكلفة إدارة شئون المسجد الأقصى المبارك)، أو تحت يد العائلات المقدسية، وذلك بهدف خلق واقع جديد في المسجد الأقصى المبارك، تمهيدا للسيطرة الكاملة عليه.

في المسجد الأقصى المبارك مدارس كثيرة، منها 13 التالية:

1- مدارس ورياض الأقصى الإسلامية

2- ثانوية الأقصى الشرعية

3- المدرسة الغادرية

4- المدرسة الباسطية

5- المدرسة الأمينية

6- المدرسة الفارسية

7- المدرسة الملكية

8- المدرسة الأسعردية

9- المدرسة المنجكية

10- المدرسة العثمانية

11- المدرسة الأشرفية

12- المدرسة التنكزية

13- المدرسة العمرية